為了兼顧既保存較好的細胞超微結構又保證較好的雜交反應兩者之間的關系，在電鏡原位雜交中應注意以下幾點：
 
    1．選擇合適的固定劑  所用固定劑為交聯固定劑，如甲醛和戊二醛，既能良好保存細胞超微結構，又能有效地保存組織細胞中的核酸，尤其是RNA分子。這類交聯固定劑，尤其是戊二醛，主要缺點是影響探針對靶核酸的可及性，當細胞中靶核酸序列的拷貝數很少時，這種影響尤為明顯。所以。一般主張用較低濃度(0．1％一0．5％)的戊二醛或與4％多聚甲醛聯合使用。在實驗中可試用不同濃度的多聚甲醛和(或)戊二醛，以摸索*濃度。

鋨酸是電鏡技術中常用的一種固定劑，但經鋨酸固定的組織，RNA的保留較差。在原位雜交技術中，標本在原位雜交反應后再用鋨酸進行后固定似乎不影響標記信號，這樣有利于膜結構的保存，可增加細胞亞微結構的電子密度反差。

選擇合適的探針  放射性和非放射性探針都可用于電鏡原位雜交。與光鏡原位雜交反應一樣，用放射性核素標記的探針做電鏡原位雜交，其敏感性較高，標記物不干擾雜交反應，并且結果適于進行定量分析。常用的放射性核素為3H、35S、125I和32P。3H的β射線能量zui低。雜交信號能得到*的亞細胞定位，但放射自顯影的曝光時間較長。35S的β射線能量較高，故其亞細胞定位不如’H，但放射自顯影時間較短，實際應用中應用zui廣。應用非放射性標記探針進行電鏡原位雜交不需長時間進行放射自顯影，又可避免放射性核素的污染問題，而且其分辨率即雜交信號的亞細胞定位要比放射性核素標記探針好。在電鏡原位雜交中用得zui多的非放射性標記物是生物素。雜交體上的生物素可用HRP或膠體金標記的抗生物素抗體、A蛋白或卵白素來檢測。
如果用強交聯劑固定，應選擇較短序列的探針，使探針易于滲透，提高雜交反應效率。
 
    3．適宜的雜交前處理  雜交前處理中應盡量避免蛋白 酶消化，去污劑Triton X-100的濃度也應降低，以不高于o．02％為宜。因醋酸酐處理能破壞細胞亞微結構，故應避免。
 
    4．適宜的檢測方法  電鏡原位雜交的雜交信號必須具有高電子密度，只有這樣才能在電鏡下識別。
    放射性核素標記探針電鏡原位雜交的雜交體用放射自顯影術檢測。電鏡放射自顯影要求分辨率*，與光鏡放射自顯影相比，于電鏡放射自顯影的核乳膠的銀粒較細，一般要求銀粒直徑在1．6X10―；m以下。制備電鏡自顯影標本時，要求乳膠層薄到只有一層溴化銀晶體的厚度，稱為單層乳膠。在單層乳膠中，溴化銀晶體彼此接近，既不互相重疊，又不留有無溴化銀晶體的空隙。當超微結構中體積極小的放射源的核射線穿透單層乳膠時，只使距放射源zui近的銀粒曝光。而射線不作用于其他的銀晶體上，不至造成影像彌漫泛化。